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Forschungsgruppe Bioinformatik

Universität für Veterinärmedizin Budapest

Forschungsgruppe Bioinformatik

FORSCHUNGSGRUPPENLEITER: Norbert Solymosi

KONTAKT: [Click to see email]

MITGLIEDER DER FORSCHUNGSGRUPPE:

Ordentlicher Professor: István Csabai (Abteilung für Physik komplexer Systeme), Róbert Farkas, Zoltán Szállási (Computational Health Informatics Program (CHIP), Boston Children’s Hospital, Boston, MA, USA)

Außerordentlicher Professor: László Makrai, Norbert Solymosi

Leitender Dozent: Ákos Maróti-Agóts

Wissenschaftlicher Mitarbeiter: Sándor Spisák (Harvard Medical School, Dana Farber Cancer Institute, Abteilung für Medizinische Onkologie), Gábor Valcz (Labor für Molekulare Gastroenterologie, 2. Abteilung für Innere Medizin, Semmelweis-Universität)

Assistent: –

Doktorand: András Adorján

FORSCHUNGSGEBIETE:

Wir arbeiten an der Verarbeitung und Analyse von Datensätzen, die durch bioinformatische Technologien mit unterschiedlichem Durchsatz generiert werden. Durch die digitale Bildanalyse unterstützen wir Forschungen in der quantitativen Bakteorologie und Pathologie. Basierend auf Genexpressions-Microarray-Datensätzen führen wir Biomarker-Identifizierung und systembiologische Analysen durch. Für verschiedene Forschungszwecke (z. B. Mikrobiom, Polymorphismus, Methylierungsmuster) führen wir Sequenzierungsdatenanalysen der nächsten Generation durch.

MITGLIEDSCHAFTEN:

LANGFRISTIGE ZUSAMMENARBEIT:

  • Abteilung für endokrine Neurobiologie, Institut für experimentelle Medizin der Ungarischen Akademie der Wissenschaften
  • Abteilung für Physik komplexer Systeme, Eötvös-Lóránd-Universität
  • II. Abteilung für Innere Medizin und Klinik, Labor für Molekulare Gastroenterologie, Semmelweis-Universität
  • Harvard Medical School, Dana Farber Cancer Institute, Medizinische Onkologie

DIENSTLEISTUNGEN:

  • quantitative digitale Bildanalyse
  • Analyse von Genexpressions-Microarray-Daten
  • Analyse von NGS-Daten

 

ZUSCHÜSSE: –

 

Name der unterstützenden Organisation/Quelle Titel und Thema des Ausschreibungsprojekts (kurz) Zuschussbetrag (in HUF)
EU H2020 COMPARE ist ein multidisziplinäres Forschungsnetzwerk mit der gemeinsamen Vision, ein analytischer Rahmen und eine weltweit vernetzte Daten- und Informationsaustauschplattform für die schnelle Identifizierung, Eindämmung und Eindämmung neu auftretender Infektionskrankheiten und lebensmittelbedingter Ausbrüche zu werden. (http://www.compare-europe.eu/) 6400,000,000 (20000000 €)

 

VERTRÄGE: –

Weitere Informationen zu den Forschungsdienstleistungen

 

Bisher erzielte Ergebnisse, Darstellung relevanter Referenzen (Förderungen und Verträge)

  • Bodor A, Csabai I, Mahoney M W, Solymosi N. rCUR: an R package for CUR matrix decomposition. BMC BIOINFORMATICS 13:(1) Paper 103. 6 p. (2012)
  • Galamb O, Győrffy B, Sipos F, Dinya E, Krenács T, Berczi L, Szőke D, Spisák S, Solymosi N, Németh AM, Juhász M, Molnár B, Tulassay Z. Helicobacter pylori and antrum erosion-specific gene expression patterns: The discriminative role of CXCL13 and VCAM1 transcripts. HELICOBACTER 13:(2) pp. 112-126. (2008)
  • Galamb O, Sipos F, Solymosi N, Spisák S, Krenács T, Tóth K, Tulassay ZS, Molnár B. Diagnostic mRNA expression patterns of inflamed, benign, and malignant colorectal biopsy specimen and their correlation with peripheral blood results. CANCER EPIDEMIOLOGY BIOMARKERS & PREVENTION 17:(10) pp. 2835-2845. (2008)
  • Galamb O, Spisák S, Sipos F, Tóth K, Solymosi N, Wichmann B, Krenács T, Valcz G, Tulassay ZS, Molnár B. Reversal of gene expression changes in the colorectal normal-adenoma pathway by NS398 selective COX2 inhibitor. BRITISH JOURNAL OF CANCER 102:(4) pp. 765-773. (2010)
  • Jalan S, Solymosi N, Vattay G, Li BW. Random matrix analysis of localization properties of gene coexpression network. PHYSICAL REVIEW E – STATISTICAL, NONLINEAR AND SOFT MATTER PHYSICS 81:(4) p. 046118. (2010)
  • Sárvári M, Hrabovszky E, Kalló I, Galamb O, Solymosi N, Liko I, Molnár B, Tihanyi K, Szombathelyi Z, Liposits Z. Gene expression profiling identifies key estradiol targets in the frontal cortex of the rat. ENDOCRINOLOGY 151:(3) pp. 1161-1176. (2010)
  • Sárvári M, Hrabovszky E, Kalló I, Solymosi N, Liko I, Berchtold N, Cotman C, Liposits Z. Menopause leads to elevated expression of macrophage-associated genes in the aging frontal cortex: rat and human studies identify strikingly similar changes. JOURNAL OF NEUROINFLAMMATION 9:(1) p. 264. (2012)
  • Sárvári M, Hrabovszky E, Kalló I, Solymosi N, Tóth K, Liko I, Szeles J, Maho S, Molnár B, Liposits Z. Estrogens regulate neuroinflammatory genes via estrogen receptors alpha and beta in the frontal cortex of middle-aged female rats. JOURNAL OF NEUROINFLAMMATION 8:(1) p. 82. (2011)
  • Sárvári M, Kalló I, Hrabovszky E, Solymosi N, Liposits Z. Ovariectomy Alters Gene Expression of the Hippocampal Formation in Middle-Aged Rats. ENDOCRINOLOGY (közlésre elfogadva) (2016)
  • Sárvári M, Kalló I, Hrabovszky E, Solymosi N, Liposits Z. Ovariectomy and subsequent treatment with estrogen receptor agonists tune the innate immune system of the hippocampus in middle-aged female rats. PLOS ONE 9:(2) p. e88540. (2014)
  • Sárvári M, Kalló I, Hrabovszky E, Solymosi N, Rodolosse A, Liposits Z. Long-Term Estrogen Receptor Beta Agonist Treatment Modifies the Hippocampal Transcriptome in Middle-Aged Ovariectomized Rats. FRONTIERS IN CELLULAR NEUROSCIENCE 10: p. 149. (2016)
  • Sárvári M, Kalló I, Hrabovszky E, Solymosi N, Rodolosse A, Vastagh C, Auer H, Liposits Z. Hippocampal Gene Expression Is Highly Responsive to Estradiol Replacement in Middle-Aged Female Rats. ENDOCRINOLOGY 156:(7) pp. 2632-2645. (2015)
  • Sárvári M, Kalló I, Hrabovszky E, Solymosi N, Tóth K, Liko I, Molnár B, Tihanyi K, Liposits Z. Estradiol Replacement Alters Expression of Genes Related to Neurotransmission and Immune Surveillance in the Frontal Cortex of Middle-Aged, Ovariectomized Rats. ENDOCRINOLOGY 151:(8) pp. 3847-3862. (2010)
  • Spisák S, Galamb B, Sipos F, Galamb O, Wichmann B, Solymosi N, Nemes B, Molnár J, Tulassay ZS, Molnár B. Applicability of antibody and mRNA expression microarrays for identifying diagnostic and progression markers of early and late stage colorectal cancer. DISEASE MARKERS 28:(1) pp. 1-14. (2010)
  • Spisák Sándor, Kate Lawrenson, Yanfang Fu, István Csabai, Rebecca T Cottman, Ji-Heui Seo, Christopher Haiman, Ying Han, Romina Lenci, Qiyuan Li, Viktória Tisza, Zoltán Szállási, Zachery T Herbert, Matthew Chabot, Mark Pomerantz, Norbert Solymosi, The GAME-ON/ELLIPSE Consortium, Simon A Gayther, J Keith Joung, Matthew L Freedman. CAUSEL: an epigenome- and genome-editing pipeline for establishing function of noncoding GWAS variants. NATURE MEDICINE 2015: pp. 1357-1363. (2015)
  • Spisák Sándor, Solymosi Norbert, Ittzés Péter, Bodor András, Kondor Dániel, Vattay Gábor, Barták K Barbara, Sipos Ferenc, Galamb Orsolya, Tulassay Zsolt, Szállási Zoltán, Rasmussen Simon, Sicheritz-Ponten Thomas, Brunak Sören, Molnár Béla, Csabai István. Complete genes may pass from food to human blood. PLOS ONE 8:(7) Paper e69805. 11 p. (2013)
  • Szőke D, Molnár B, Solymosi N, Klausz G, Gyulai ZS, Tóth B, Mándi Y, Tulassay ZS. T251a polymorphism of il-8 relating to the development of histological gastritis and g-308a polymorphism of tnf-[alpha] relating to the development of macroscopic erosion. EUROPEAN JOURNAL OF GASTROENTEROLOGY AND HEPATOLOGY 20:(3) pp. 191-196. (2008)
  • Szőke D, Molnár B, Solymosi N, Rácz K, Gergics P, Blasko B, Vásárhelyi B, Vannay A, Mándy Y, Klausz G, Gyulai Zs, Galamb O, Spisák S, Hutkai B, Somogyi A, Berta K, Szabó A, Tulassay T, Tulassay Zs. Polymorphisms of the ApoE, HSD3B1, IL-1 beta and p53 genes are associated with the development of early uremic complications in diabetic patients: Results of a DNA resequencing array study. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR MEDICINE 23:(2) pp. 217-227. (2009)
  • Szőke D, Molnár B, Solymosi N, Sipos F, Galamb O, Győrffy A, Tulassay Z. The RR genotype of codon 72 of p53 gene reduces the development of intestinal metaplasia. DIGESTIVE AND LIVER DISEASE 41:(3) pp. 179-184. (2009)
  • Vastagh C, Rodolosse A, Solymosi N, Farkas I, Auer H, Sárvári M, Liposits Z. Differential Gene Expression in Gonadotropin-Releasing Hormone Neurons of Male and Metestrous Female Mice. NEUROENDOCRINOLOGY 102:(1-2) pp. 44-59. (2015)
  • Vastagh C, Rodolosse A, Solymosi N, Liposits Z. Altered Expression of Genes Encoding Neurotransmitter Receptors in GnRH Neurons of Proestrous Mice. FRONTIERS IN CELLULAR NEUROSCIENCE 10: p. 230. (2016)