Alapértelmezett nézet
Kapcsolat Bejelentkezés

Bioinformatikai Kutatócsoport

Állatorvostudományi egyetem

Bioinformatikai Kutatócsoport

 

KUTATÓCSOPORT-VEZETŐ: dr. Solymosi Norbert

 

ELÉRHETŐSÉG: [E-mail megjelenítése]

 

A KUTATÓCSOPORTBAN DOLGOZÓK:

Egyetemi tanár: dr. Csabai István (ELTE Komplex Rendszerek Fizikája Tanszék), dr. Farkas Róbert, dr. Szállási Zoltán (Harvard Medical School)

Egyetemi docens: dr. Makrai László, dr. Maróti-Agóts Ákos, dr. Solymosi Norbert

Egyetemi adjunktus: –

Tudományos munkatárs: dr. Spisák Sándor (Harvard Medical School, Dana Farber Cancer Institute, Medical Oncology Department), dr. Valcz Gábor (SE, II. Belgyógyászati Tanszék és Klinika, Molekuláris Gasztroenterológiai Laboratórium)

Tanszéki munkatárs: -fő

Asszisztens: -fő

PhD hallgató: dr. Adorján András, dr. Krikó Eszter

 

KUTATÁSI TERÜLETEK:

Az utóbbi két évtizedben olyan molekuláris biológiai módszerek (microarray, új generációs szekvenálás (NGS)) jelentek meg és váltak mindennapossá a genomikai kutatások területén, amelyek jelentős informatikai szakértelmet és hátteret igényelnek. A molekuláris biológusok számára nem csak a módszerek elsajátítása és alkalmazása jelent kihívást, hanem az eredmények kiértékelése és értelmezése is.

Csoportunk célja, hogy katalizálja a bioinformatikai kutatásokat a terület hazai és külföldi szakértőinek összefogásával, segítve ezzel az Állatorvostudományi Egyetemen, illetve társtudományi intézményekben folyó kapcsolódó kutatásokat.

Különböző, nagy áteresztőképességű bioinformatikai technológiákból származó adatok feldolgozását, elemzését végezzük. A digitális képfeldolgozás segítségével kvantitatív bakteriológiai, patológiai kutatásokat támogatunk. Génexpressziós microarray technológiából származó adatok alapján biomarker azonosítást, rendszerbiológiai elemzéseket végzünk. Különböző kutatási céloknak (pl. mikrobiom, polimorfizmus, metilációs mintázat) megfelelő új generációs szekvenálási adatok elemzését végezzük.

 

SZAKMAI SZERVEZETI TAGSÁG:  

 

HOSSZÚTÁVÚ EGYÜTTMŰKÖDÉSEK:

  • Endokrin Neurobiológia Kutatócsoport, Magyar Tudományos Akadémia Kísérleti Orvostudományi Kutatóintézete
  • Komplex Rendszerek Fizikája Tanszék, Eötvös Lóránd Tudományegyetem
  • II. Belgyógyászati Tanszék és Klinika, Molekuláris Gasztroenterológiai Laboratórium, Semmelweis Egyetem
  • Harvard Medical School, Dana Farber Cancer Institute, Medical Oncology Department

 

IGÉNYELHETŐ SZOLGÁLTATÁSOK:

  • kvantitatív digitális képfeldogozás
  • génexpressziós microarray adatok elemzése
  • NGS adatok elemzése

 

PÁLYÁZATOK: –

 

Támogató szervezet /forrás megnevezése Pályázati projekt címe és témája (röviden) Támogatás összege (Ft-ban)
EU H2020 Horizon 2020 PHC7 ”COMPARE”: új genomikai technológiákra alapozva humán és állati fertőzések detektálásának és azokra adott válaszok felgyorsítását célzó fejlesztések, kutatások, integráció. 6400,000,000 (20,000,000 €)

 

MEGBÍZÁSOK: –

 

eddigi eredmények, releváns referenciák (pályázati projektek megbízási munkák) bemutatása

  • Bodor A, Csabai I, Mahoney M W, Solymosi N. rCUR: an R package for CUR matrix decomposition. BMC BIOINFORMATICS 13:(1) Paper 103. 6 p. (2012)
  • Galamb O, Győrffy B, Sipos F, Dinya E, Krenács T, Berczi L, Szőke D, Spisák S, Solymosi N, Németh AM, Juhász M, Molnár B, Tulassay Z. Helicobacter pylori and antrum erosion-specific gene expression patterns: The discriminative role of CXCL13 and VCAM1 transcripts. HELICOBACTER 13:(2) pp. 112-126. (2008)
  • Galamb O, Sipos F, Solymosi N, Spisák S, Krenács T, Tóth K, Tulassay ZS, Molnár B. Diagnostic mRNA expression patterns of inflamed, benign, and malignant colorectal biopsy specimen and their correlation with peripheral blood results. CANCER EPIDEMIOLOGY BIOMARKERS & PREVENTION 17:(10) pp. 2835-2845. (2008)
  • Galamb O, Spisák S, Sipos F, Tóth K, Solymosi N, Wichmann B, Krenács T, Valcz G, Tulassay ZS, Molnár B. Reversal of gene expression changes in the colorectal normal-adenoma pathway by NS398 selective COX2 inhibitor. BRITISH JOURNAL OF CANCER 102:(4) pp. 765-773. (2010)
  • Jalan S, Solymosi N, Vattay G, Li BW. Random matrix analysis of localization properties of gene coexpression network. PHYSICAL REVIEW E – STATISTICAL, NONLINEAR AND SOFT MATTER PHYSICS 81:(4) p. 046118. (2010)
  • Sárvári M, Hrabovszky E, Kalló I, Galamb O, Solymosi N, Liko I, Molnár B, Tihanyi K, Szombathelyi Z, Liposits Z. Gene expression profiling identifies key estradiol targets in the frontal cortex of the rat. ENDOCRINOLOGY 151:(3) pp. 1161-1176. (2010)
  • Sárvári M, Hrabovszky E, Kalló I, Solymosi N, Liko I, Berchtold N, Cotman C, Liposits Z. Menopause leads to elevated expression of macrophage-associated genes in the aging frontal cortex: rat and human studies identify strikingly similar changes. JOURNAL OF NEUROINFLAMMATION 9:(1) p. 264. (2012)
  • Sárvári M, Hrabovszky E, Kalló I, Solymosi N, Tóth K, Liko I, Szeles J, Maho S, Molnár B, Liposits Z. Estrogens regulate neuroinflammatory genes via estrogen receptors alpha and beta in the frontal cortex of middle-aged female rats. JOURNAL OF NEUROINFLAMMATION 8:(1) p. 82. (2011)
  • Sárvári M, Kalló I, Hrabovszky E, Solymosi N, Liposits Z. Ovariectomy Alters Gene Expression of the Hippocampal Formation in Middle-Aged Rats. ENDOCRINOLOGY (közlésre elfogadva) (2016)
  • Sárvári M, Kalló I, Hrabovszky E, Solymosi N, Liposits Z. Ovariectomy and subsequent treatment with estrogen receptor agonists tune the innate immune system of the hippocampus in middle-aged female rats. PLOS ONE 9:(2) p. e88540. (2014)
  • Sárvári M, Kalló I, Hrabovszky E, Solymosi N, Rodolosse A, Liposits Z. Long-Term Estrogen Receptor Beta Agonist Treatment Modifies the Hippocampal Transcriptome in Middle-Aged Ovariectomized Rats. FRONTIERS IN CELLULAR NEUROSCIENCE 10: p. 149. (2016)
  • Sárvári M, Kalló I, Hrabovszky E, Solymosi N, Rodolosse A, Vastagh C, Auer H, Liposits Z. Hippocampal Gene Expression Is Highly Responsive to Estradiol Replacement in Middle-Aged Female Rats. ENDOCRINOLOGY 156:(7) pp. 2632-2645. (2015)
  • Sárvári M, Kalló I, Hrabovszky E, Solymosi N, Tóth K, Liko I, Molnár B, Tihanyi K, Liposits Z. Estradiol Replacement Alters Expression of Genes Related to Neurotransmission and Immune Surveillance in the Frontal Cortex of Middle-Aged, Ovariectomized Rats. ENDOCRINOLOGY 151:(8) pp. 3847-3862. (2010)
  • Spisák S, Galamb B, Sipos F, Galamb O, Wichmann B, Solymosi N, Nemes B, Molnár J, Tulassay ZS, Molnár B. Applicability of antibody and mRNA expression microarrays for identifying diagnostic and progression markers of early and late stage colorectal cancer. DISEASE MARKERS 28:(1) pp. 1-14. (2010)
  • Spisák Sándor, Kate Lawrenson, Yanfang Fu, István Csabai, Rebecca T Cottman, Ji-Heui Seo, Christopher Haiman, Ying Han, Romina Lenci, Qiyuan Li, Viktória Tisza, Zoltán Szállási, Zachery T Herbert, Matthew Chabot, Mark Pomerantz, Norbert Solymosi, The GAME-ON/ELLIPSE Consortium, Simon A Gayther, J Keith Joung, Matthew L Freedman. CAUSEL: an epigenome- and genome-editing pipeline for establishing function of noncoding GWAS variants. NATURE MEDICINE 2015: pp. 1357-1363. (2015)
  • Spisák Sándor, Solymosi Norbert, Ittzés Péter, Bodor András, Kondor Dániel, Vattay Gábor, Barták K Barbara, Sipos Ferenc, Galamb Orsolya, Tulassay Zsolt, Szállási Zoltán, Rasmussen Simon, Sicheritz-Ponten Thomas, Brunak Sören, Molnár Béla, Csabai István. Complete genes may pass from food to human blood. PLOS ONE 8:(7) Paper e69805. 11 p. (2013)
  • Szőke D, Molnár B, Solymosi N, Klausz G, Gyulai ZS, Tóth B, Mándi Y, Tulassay ZS. T251a polymorphism of il-8 relating to the development of histological gastritis and g-308a polymorphism of tnf-[alpha] relating to the development of macroscopic erosion. EUROPEAN JOURNAL OF GASTROENTEROLOGY AND HEPATOLOGY 20:(3) pp. 191-196. (2008)
  • Szőke D, Molnár B, Solymosi N, Rácz K, Gergics P, Blasko B, Vásárhelyi B, Vannay A, Mándy Y, Klausz G, Gyulai Zs, Galamb O, Spisák S, Hutkai B, Somogyi A, Berta K, Szabó A, Tulassay T, Tulassay Zs. Polymorphisms of the ApoE, HSD3B1, IL-1 beta and p53 genes are associated with the development of early uremic complications in diabetic patients: Results of a DNA resequencing array study. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR MEDICINE 23:(2) pp. 217-227. (2009)
  • Szőke D, Molnár B, Solymosi N, Sipos F, Galamb O, Győrffy A, Tulassay Z. The RR genotype of codon 72 of p53 gene reduces the development of intestinal metaplasia. DIGESTIVE AND LIVER DISEASE 41:(3) pp. 179-184. (2009)
  • Vastagh C, Rodolosse A, Solymosi N, Farkas I, Auer H, Sárvári M, Liposits Z. Differential Gene Expression in Gonadotropin-Releasing Hormone Neurons of Male and Metestrous Female Mice. NEUROENDOCRINOLOGY 102:(1-2) pp. 44-59. (2015)
  • Vastagh C, Rodolosse A, Solymosi N, Liposits Z. Altered Expression of Genes Encoding Neurotransmitter Receptors in GnRH Neurons of Proestrous Mice. FRONTIERS IN CELLULAR NEUROSCIENCE 10: p. 230. (2016)