Sok madárban a kifejlett egyedek ivari dimorfizmust mutatnak, vagyis a hímek és a tojók könnyen elkülöníthetőek külső bélyegeik, esetleg viselkedésük alapján. Más madárfajokban viszont ivaréretten sem különböznek egymástól a nemek, és a tojásból frissen kikelt fiókáról vagy az ivaréretlen egyedeknél sem lehet a külső alapján megállapítani, hogy az hím vagy tojó. Ilyen esetekben valamilyen más módszerhez kell folyamodni, például a DNS-ben meglévő információhoz.

A molekuláris ivarhatározás alapját az ivari kromoszómák különbözősége adja. Az emlősökben az ivarkromoszómákat X-nek és Y-nak nevezik, és nagyon különböznek egymástól. Itt a hímekben van kétféle (Egy X és egy Y), a nőstényekben pedig egyféle (X), de abból két darab. A madaraknál az ivari kromoszómáket nem X-nek és Y-nak, hanem W-nek és Z-nek hívják, és a tojóknak van két különböző (Z és W), a hímeknek pedig két ugyanolyan (Z és Z). Ráadásul a madarakban a Z és a W nagyon hasonlít egymáshoz. Találtak azonban olyan géneket, amelyek egy kicsit különböznek a Z és W kromoszómán, ezek azonosításával vált lehetővé a molekuláris ivarmeghatározás. Ilyen gén pl. a CHD1 és NIPBL is, ezek két külön változatban vannak jelen a Z és a W kromoszómán. Így nem kell mást tennünk, mint azonosítani, hogy egy adott egyed egy vagy két génváltozattal rendelkezik. Ez PCR-technikával történik, az ivari kromoszómákon található CHD és NIPB fehérjéket kódoló gének meghatározott szakaszainak felszaporításával. A keletkezett PCR-termékek eltérő méretűek az ivari kromoszómákon, így a hímek és tojók ezek alapján agaróz-elekroforézissel beazonosíthatóak.