Állatorvostudományi Egyetem

A kurzus leírása

A kurzus ismerteti a filogenetikai törzsfák készítésének lépéseit (genetikai adatbázisok használata, szekvenciák összerendezése, törzsfa-rekonstrukció lépései) és a fajok, populációk különböző kontrollokkal (filogenetikai kontrasztok, illetve legkisebb négyzetek) történő összehasonlításának módszerét. E módszerek elengedhetetlenek a korrekt evolúciós komparatív vizsgálatokhoz.

Ajánlott irodalom:

Schrott Anikó – Kabai Péter: Phylogenetic trees and evolutionary comparison – webjegyzet

P.H. Harvey és M.D. Pagel: The comparative method in evolutionary biology. Oxford 1998.

P. Lemey, M. Salemi és A. Vandamme: The phylogenetic handbook. Cambridge 2009.

Gyakorlatok tematikája

1. Febr.9. Bevezetés, megbeszélés

2. Febr.16. Taxonómia, szisztematika, filogenetika. Alapvető fogalmak. Az élővilág rendszerezésének története: fenetika, kladisztika.

3. Febr.23. Molekuláris filogenetikai rekonstrukció 1: markerek, távolság-alapú módszerek

4.  Márc.1. Molekuláris filogenetikai rekonstrukció 2: Szekvencia-evolúciós modellek, MP, ML és Bayes módszerek

5. Márc.8. A Gyakorlat: Filogenetikai fák készítése genetikaitávolság-, ML és BI módszerekkel

6. Márc.29. A komparatív vizsgálatok típusai (független kontrasztok, PGLS modellek)

7. Ápr.5. Gyakorlat: Komparatív vizsgálatok független kontrasztok számolásával

8. Ápr.12.  Gyakorlat: Komparatív vizsgálatok PGLS modell alkalmazásával

9. Ápr.19. Ismétlés, konzultáció

Értékelés leírása

Tantárgyfelelős: Szabó Krisztián
Javasolt félév: 4.
Félévi óraszám: 0 + 30
Előtanulmányi követelmény: Populáció és evolúciógenetika
Kredit: 0 + 2

megj.: Zoológia szakirány tárgya

Vizsgainformáció

Kollokvium, írásbeli

A kollokvium egy önálló hallgatói kutató munkán alapuló beadandó dolgozat, amelyben egy ökológiai vagy etológiai szempontból érdekes összefüggést elemeznek a kurzus során szerzett ismeretek alapján.