Alapértelmezett nézet
Kapcsolat Bejelentkezés
Oktatás Kurzusok Számítógépes modellezés – biológus MSc

Számítógépes modellezés – biológus MSc

Nyelv
magyar
Jelleg
kötelező
Értékelés
gyakorlati jegy
Év a tantervben
2
Szemeszter a tantervben
1
Kredit
3
Gyakorlat óraszám / félév
45
Szervezeti egység
Ökológiai Tanszék
Dokumentumtár
Dokumentumtár
Kik vehetik fel a tárgyat?
  • Biológus MSc

A kurzus leírása

Alapvető programozási, kód-írási készségek elsajátítása R nyelven: Programok struktúrája: ciklus, elágazás, alprogramok. A véletlen folyamatok modellezése randomszámokkal. Dinamikai modellek elemzésére használatos ábratípusok. A Biomatematikai modellek tantárgy keretében megismert időben diszkrét modellek elemzése determinisztikus és sztochasztikus szimulációkkal. Differenciál-egyenletek numerikus megoldása.

  • Gyakorlatok anyaga, képletgyűjtemény: www.univet.hu
  • Sarah P. Otto & Troy Day: A Biologist’s Guide to Mathematical Modeling in Ecology and Evolution, Princeton University Press, 2011
  • GILLMAN, M.: An Introduction to Mathematical Models in Ecology and Evolution, Wiley-Blackwell, 2009
  • WILSON, E.O. – BOSSERT, W.H.: Bevezetés a populációbiológiába,
    Budapest: Gondolat, 1981.
  • SOETAERT, K. – HERMAN, P.M.J.: A practical Guide to Ecological Modeling, Springer, 2009

Előadások tematikája

Hét: Téma:
1.
09/11
Diszkrét populációdinamikai modellek, korlátozott, korlátlan populációnövekedés. Ábra: denzitás az idő függvényében. Vektorok, ciklusok.
2.
09/18
Ábra: denzitás az előző denzitás fvben (Ricker diagramm)

Függvények mint összekapcsolt utasítások, függvények mint változók közötti függvénykapcsolat.

3.
09/25
Mátrixok és felhasználásuk a a denzitás növekedési paramétertől való függésének ábrázolásában.
4.
10/02
Egy folytonos függvény többszörös ábrázolása egy ábrán a paraméterfüggés szemléltetésére. Az elágazás használata a programozásban. Logikai változók.
5.
10/09
Az időbeliség szemléltetése nyilakkal a Ricker-diagrammon.

Korcsoportfüggő populációdinamika, Leslie-mátrix.

6.
10/16
Determinisztikus haploid és diploid egylókuszos populációgenetikai modell. Mutáció és szelekció modellezése. Ábra: átlagfitnesz és deltap a p függvényében (Wright-féle adaptív tájkép).
7.
10/30
Sztochasztikus populációgenetikai modellek. Listák, randomszámok. Diploid sztochasztikus populációgenetikai modell. Mutáció és szelekció.
8.
11/06
Haploid soklókuszos sztochasztikus populációgenetikai modell. Mutáció, szelekció és rekombináció. Mutáns-osztályok.
9.
11/13
Váltivarúság modellezése. A szaporodási mód modellezése: pánmixis, öntermékenyítés, apomixis. A szaporodási mód modellezése: ivari szelekció.
10.
11/20
Differenciál-egyenletek numerikus megoldása. Egyéni feladatok megbeszélése.

 

11. /

11/27

Többváltozós differenciál-egyenlet-rendszerek numerikus megoldása. Egyéni feladatok 1. számonkérés.
12.
12/04
Játékelméleti modell, gyakoriságfüggés. Egyéni feladatok 2. számonkérés.
13.
12/11
Egyéni feladatok 3. számonkérés.

Értékelés leírása

A gyakorlatok látogatása kötelező, max 3 hiányzás lehet.

10 kisdolgozat 5-5 pont értékben = max 50 pont. A kisdolgozatok során bármely papír alapú segédeszköz használható, de elektronikus nem.

1 beadandó egyéni feladat: időben diszkrét modell megoldására szimuláció elkészítése és elemzése.  max 50 pont (40 pont a modell kódolása, 5 pont a programozás struktúráltsága és a megjegyzések, 5 pont az ábra.)

Beküldhető házi feladatok 1-3 pont értékben, összesen max 15 pont szerezhető.

  • jeles: 90%
  • jó: 80%
  • közepes: 65%
  • elégséges: 50%

Vizsgainformáció

A tantárgyhoz nem tartozik vizsga.