A Marek József Alapítvány feladata az Állatorvostudományi Egyetem alapítói, tulajdonosi, fenntartói jogainak gyakorlása, az Egyetem működési feltételei, intézményfejlesztési céljai megvalósításának biztosítása.

Az Alapítvány a magyar felsőoktatás gazdasági, társadalmi és nemzetközi kapcsolatainak fejlesztése érdekében oktatási, tudományos kutatási, hallgatói, tanulói, oktatói, kutatói, tanári támogatási programot működtet, rászorultsági alapú támogatást biztosít, illetve tehetséggondozó programok működését támogatja.

Az Alapítvány célja a világszínvonalú egyetemi és egyetemen kívüli képzés, kutatás elősegítése, az ehhez szükséges oktatási, képzési és ösztöndíj feltételek biztosítása.