A fertőző betegségek oktatása alapításától fogva intézményünk egyik fő feladata, bár a tanszék jelen formájában csak 1933 óta működik, amikor a Járványtani Intézet és a Bakteriológiai Intézet összevonásra került. A tanszéknek az állatorvoslásban játszott szerepét olyan korábbi professzorok határozták meg, mint Preisz Hugó, Aujeszky Aladár, Hutyra Ferenc, Manninger Rezső, Mészáros János, Szent-Iványi Tamás, Bartha Adorján, Tuboly Sándor és Tuboly Tamás. A tanszék munkatársai számos új kórokozót írtak le, meghatározták tulajdonságaikat, és több fertőző betegség kóroktanát, kórfejlődését, gyógykezelését, megelőzését és a betegségtől való mentesítés lehetőségeit tisztázták. A „Háziállatok fertőző és nem fertőző betegségei” című kézikönyvet, amelyet Hutyra és Manninger professzor Marek és Mócsy professzorral együtt írt, 18 nyelven, 23 kiadásban jelentették meg, és e könyvet széles körben használta az állatorvosi szakma világszerte. A tanszék szoros kapcsolatokat ápol számos, a mikrobiológia és a fertőző betegségek terén működő hazai és külföldi hasonló egyetemi tanszékkel, kutatóintézettel, diagnosztikai intézettel és nemzetközi szervezettel.